Le groupe de pilotage d'AMCRA a pour objectif de définir les objectifs stratégiques. Ces objectifs sont fixés chaque année en accord avec le Conseil d'administration. Les autres missions du groupe de pilotage consistent à évaluer le fonctionnement et les réalisations et à veiller à la neutralité d'AMCRA. Le groupe de pilotage examine par ailleurs le budget et effectue une évaluation annuelle des comptes. 

Le groupe de pilotage se compose de représentants de l’Agence fédérale pour la Sécurité de la Chaîne alimentaire (AFSCA), l’Agence fédérale des Médicaments et des Produits de Santé (AFMPS), le Service public fédéral Santé publique, Sécurité de la Chaîne alimentaire et Environnement et de Sciensano, ainsi que d’observateurs du staff permanent et de l’organe d'administration d’AMCRA.

Le Conseil d'administration d’AMCRA définit chaque année, conjointement avec le groupe de pilotage, les objectifs stratégiques que doit réaliser AMCRA. Il veille à l’exécution des objectifs opérationnels via la concrétisation par le staff permanent des objectifs précités, ainsi qu’au fonctionnement quotidien du centre d'expertise. Ses autres missions : rédiger le rapport annuel et les engagements financiers, recruter et engager le staff et les éventuels experts externes. Le Conseil d'administration est également chargé de convoquer le conseil consultatif et les groupes de travail technique. 

Le conseil d'administration se compose actuellement des représentants des structures suivantes : la faculté de médecine vétérinaire de l’université de Gand, la faculté de médecine vétérinaire de l’université de Liège, l’industrie pharmaceutique pharma.be, les organisations de vétérinaires VeDa, UPV et SAVAB-Flanders et les organisations agricoles Boerenbond, ABS et FWA. La Belgian Feed Association, fédération de l’industrie de l’alimentation animale, a été membre du conseil d’administration d’AMCRA de 2012 à 2024.

Le staff d’AMCRA travaille au sein de l’unité « avis et communication » et de l’unité « analyse des données d’usage des antibiotiques ». Dans son fonctionnement quotidien, le staff est dirigé par la coordinatrice.

L’unité « avis et communication » exécute les objectifs opérationnels en accord avec le Conseil d'administration. Les avis et les directives sont élaborés afin de répondre à des questions scientifiques ou techniques spécifiques dans le cadre de la réalisation des objectifs de réduction. Des groupes de travail technique, dont la composition varie selon le sujet (voir la liste des avis sur la page « Avis et législation »), sont mis sur pied. Outre son rôle de conseil auprès des pouvoirs publics et des secteurs concernés, l'AMCRA joue également un rôle central dans la communication avec toutes les parties prenantes et leur sensibilisation. Le matériel de sensibilisation développé par l’AMCRA est présenté sur la page « Sensibilisation ».

L’unité scientifique assure l’analyse des données d’usage des antibiotiques vétérinaires en Belgique, collectées par les systèmes publics et privés de collecte de données.

Des groupes de travail technique sont créés pour répondre aux demandes scientifiques ou techniques spécifiques  dans le cadre de la réalisation des objectifs stratégiques. La composition de ces groupes de travail varie donc selon les thématiques abordées. 

Le conseil consultatif, le groupe de pilotage, le Conseil d'administration et toutes les organisations impliquées peuvent être sollicités pour qu’ils proposent des participants. Un des membres du staff est toujours présent lors des réunions des groupes de travail technique.

Le fonctionnement d'AMCRA implique la communication avec toutes les parties concernées, à travers un conseil consultatif annuel, traditionnellement organisé en juin. Au cours de cet événement, les chiffres de vente et d’utilisation détaillés des antibiotiques vétérinaires en Belgique durant l’année qui précède (BelVet-SAC) sont communiqués. Ces chiffres sont associés aux objectifs fixés dans le plan de réduction d’AMCRA (voir Vision 2020, Vision 2024 et Vision 2030). Les tendances des données disponibles relatives aux antibiorésistances, provenant des programmes de contrôle nationaux, y sont présentées afin que l’évolution de l’émergence des résistances au niveau des germes indicateurs et des bactéries zoonotiques puisse être suivie.

Depuis la signature de la 1^ère convention relative aux antibiotiques en 2016, les initiatives prises par les secteurs membres et les pouvoirs publics au cours de l’année écoulée sont également communiquées lors du conseil consultatif.